生信软件 - 学习日记

JAVA 生物信息软件 Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor 源码临时修复及编译

今天分享一套依赖破坏的开源 JAVA 生物信息软件 Barna 项目的临时修复及编译。这套软件包括：Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor，主页地址：https://confluence.sammeth.net/。在我接触到这套软件的2021年底，这套软件的源代码还可以通过一定的变通方法从 git 仓库下载到。不过却根本无法编译通过，因为其依赖的网络上的各种包和文件链接失效。但是，我发现现在已经无法从 git 仓库下载源码了。所幸，我当初下载的源码还在。于是，我将原来下载的源码和修复上传到 github（ https://github.com/learndiary/barna-df ）。这里，借此软件的修复，小结一下 JAVA Gradle 编译软件依赖包的修复。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV12V4y1p7Ec?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 MetaboAnalystR 演示

前些天演示了一下 Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix（ https://www.learndiary.com/2022/05/linux-conda-cellmix/ ），今天演示 Conda 安装一款比较新的生物信息 R 软件 MetaboAnalystR 3.2.0。这款软件于2017年底发布于 github 上面，现在最新的版本是3.2，仍在持续更新中。本文的演示环境是 Deepin 20.6 Linux、Miniconda3 版本 4.13.0、R 4.0.2、MetaboAnalystR 3.2.0（github 当前版本）、四川移动家庭宽带网络。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1CY4y1E7UB?share_source=copy_web

Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix 演示

今天演示一下 Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix，CellMix 是一款 9 年前就停止更新的老旧生物信息 R 软件包，但是却有人仍然需要使用它。由于年代久远，官网上的安装方法在现在的较新的 R 版本环境下已经失效，给安装带来相当的难度。本文的演示环境是位于腾讯云广州区的 Debian 10 Linux 云服务器、Miniconda3 版本 4.12.0、R 4.0.2、CellMix 1.6.2。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV16U4y127AS?share_source=copy_web