2022年8月 - 学习日记

今天分享一套依赖破坏的开源 JAVA 生物信息软件 Barna 项目的临时修复及编译。这套软件包括：Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor，主页地址：https://confluence.sammeth.net/。在我接触到这套软件的2021年底，这套软件的源代码还可以通过一定的变通方法从 git 仓库下载到。不过却根本无法编译通过，因为其依赖的网络上的各种包和文件链接失效。但是，我发现现在已经无法从 git 仓库下载源码了。所幸，我当初下载的源码还在。于是，我将原来下载的源码和修复上传到 github（ https://github.com/learndiary/barna-df ）。这里，借此软件的修复，小结一下 JAVA Gradle 编译软件依赖包的修复。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV12V4y1p7Ec?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

今天演示一下 Linux 上非 root 用户 Conda 编译安装 ISCE2（含 RelaxIV、GPU 加速等全部可选项）。本文的演示环境是 Nvidia A100 GPU 云服务器、Ubuntu 18.04 Linux、Miniconda3 版本 conda 23.3.1、ISCE2 2.6.1。分为 ISCE2 编译安装和简单测试两部分。

重要提示：isce2 这款软件对各组件的版本特别敏感，conda 默认会安装有效的最新版本，导致 isce2 安装失败。本文已于 2023年4月8日更新了 isce2 编译运行所需要的 Conda 环境安装方法，所以视频中的Conda 环境安装部分已经过时。本文的首发网址为：学习日记 https://www.learndiary.com/2022/08/linux-conda-isce2/ 。若有更新会第一时间发布在首发网址中。

视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1La411o785?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

提示：本演示视频分为“编译安装”和“简单测试”如下两部分：

月份：2022年8月

JAVA 生物信息软件 Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor 源码临时修复及编译

Linux 上非 root 用户 Conda 编译安装 ISCE2（含 RelaxIV 、GPU 加速等全部可选项，2023年4月8日更新）