Linux - 第5页 - 学习日记

Linux 不能识别新硬件的解决思路分享

今天分享一位客户的 Kali Linux 在惠普光影精灵8 笔记本的无线网卡和声卡安装的经历。供相似情况的朋友参考。简单来说，就是现在的新硬件在 Linux 下如果不能识别，使用两种方法解决问题的概率比较大。升级内核及安装固件。视频演示地址： https://www.bilibili.com/video/BV11W4y1x7R1/?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

Linux 下固态硬盘恢复误删除文件

上次分享了一则Linux下恢复误删除文件的视频，有朋友在视频下方询问是否机械硬盘，由此引出今天这则Linux下固态硬盘恢复误删除文件的视频。
总的来说，在 Linux 下，在合理配置的情况下，多半还是可以恢复一些文件的。视频演示地址： https://www.bilibili.com/video/BV1ZG411L7xt/?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

提示：本演示视频分为“不执行 trim 可以恢复误删除文件”和“手动或实时执行 trim 不能恢复误删除文件”如下两部分：

Linux 下恢复误删除文件

一、数据误删背景

（2024.12.30更新：推荐使用 R-Linux 恢复 EXT2~4 分区误删除文件，参见：https://www.learndiary.com/2024/12/r-linux/ ）
一、数据误删背景

这次是一名科技工作者客户在 Ubuntu Linux（版本大概是20.04）下用 rm 命令误删除了一个重要文件夹里面的文件，然后又在同一分区上装了一个数据恢复软件试图恢复。结果失败。他在我回复他不能保证恢复数据的程度后，去找了一个人帮他恢复，结果可能不理想，又联系我帮他恢复。视频演示地址： https://www.bilibili.com/video/BV1s14y187MK?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

提示：本演示视频分为“恢复过程”和“恢复小结”如下两部分：

JAVA 生物信息软件 Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor 源码临时修复及编译

今天分享一套依赖破坏的开源 JAVA 生物信息软件 Barna 项目的临时修复及编译。这套软件包括：Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor，主页地址：https://confluence.sammeth.net/。在我接触到这套软件的2021年底，这套软件的源代码还可以通过一定的变通方法从 git 仓库下载到。不过却根本无法编译通过，因为其依赖的网络上的各种包和文件链接失效。但是，我发现现在已经无法从 git 仓库下载源码了。所幸，我当初下载的源码还在。于是，我将原来下载的源码和修复上传到 github（ https://github.com/learndiary/barna-df ）。这里，借此软件的修复，小结一下 JAVA Gradle 编译软件依赖包的修复。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV12V4y1p7Ec?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

Linux 上非 root 用户 Conda 编译安装 ISCE2（含 RelaxIV 、GPU 加速等全部可选项，2023年4月8日更新）

今天演示一下 Linux 上非 root 用户 Conda 编译安装 ISCE2（含 RelaxIV、GPU 加速等全部可选项）。本文的演示环境是 Nvidia A100 GPU 云服务器、Ubuntu 18.04 Linux、Miniconda3 版本 conda 23.3.1、ISCE2 2.6.1。分为 ISCE2 编译安装和简单测试两部分。

重要提示：isce2 这款软件对各组件的版本特别敏感，conda 默认会安装有效的最新版本，导致 isce2 安装失败。本文已于 2023年4月8日更新了 isce2 编译运行所需要的 Conda 环境安装方法，所以视频中的Conda 环境安装部分已经过时。本文的首发网址为：学习日记 https://www.learndiary.com/2022/08/linux-conda-isce2/ 。若有更新会第一时间发布在首发网址中。

视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1La411o785?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

提示：本演示视频分为“编译安装”和“简单测试”如下两部分：

Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 MetaboAnalystR 演示

前些天演示了一下 Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix（ https://www.learndiary.com/2022/05/linux-conda-cellmix/ ），今天演示 Conda 安装一款比较新的生物信息 R 软件 MetaboAnalystR 3.2.0。这款软件于2017年底发布于 github 上面，现在最新的版本是3.2，仍在持续更新中。本文的演示环境是 Deepin 20.6 Linux、Miniconda3 版本 4.13.0、R 4.0.2、MetaboAnalystR 3.2.0（github 当前版本）、四川移动家庭宽带网络。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1CY4y1E7UB?share_source=copy_web

Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix 演示

今天演示一下 Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix，CellMix 是一款 9 年前就停止更新的老旧生物信息 R 软件包，但是却有人仍然需要使用它。由于年代久远，官网上的安装方法在现在的较新的 R 版本环境下已经失效，给安装带来相当的难度。本文的演示环境是位于腾讯云广州区的 Debian 10 Linux 云服务器、Miniconda3 版本 4.12.0、R 4.0.2、CellMix 1.6.2。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV16U4y127AS?share_source=copy_web

Linux 下使用 RAID10 软陈列的一些事儿

我在前面一则日记中在 VirtualBox Deepin Linux 虚拟机里演示一下用 mdadm 创建 RAID10 软陈列。今天补充一些我觉得在使用 RAID10 软阵列时值得注意的事项。包括：磁盘分区、阵列成员大小、添加阵列成员命令 --add 和 --re-add 区别及添加阵列成员顺序。测试的环境是 VirtualBox 里面的 Deepin 20.5 Linux，内核版本 5.10.101，mdadm – V4.1 – 2018-10-01。视频演示地址： https://www.bilibili.com/video/BV1rB4y127KT?share_source=copy_web

Linux 下使用 RAID10 软陈列

今天在 VirtualBox Deepin 20.2.4 Linux 虚拟机里演示一下 Linux 下用 mdadm 创建了 RAID10 软陈列。RAID10 陈列兼顾了速度与数据冗余保障。其中介绍一下我在创建过程中的一些心得。包括：选择 RAID10 布局类型并创建阵列、模拟阵列成员损坏及恢复、测试创建阵列的命令中设备顺序对阵列的影响、删除阵列、阵列不能取代数据备份、参考资料。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1zT4y1v7Va?share_source=copy_web

CentOS Linux SELinux 安全上下文错误引起的宕机故障

在某些情况下，我们会用一些外部的文件复制替换系统中原有的文件，如文件损坏，或者安装了错误版本的软件、或者怀疑原文件被替换成含病毒的版本等。这里以 VirtualBox 虚拟机中的 CentOS 7 为例，演示的是在启用 SELinux 的情况下，错误的复制替换系统中 /lib64/libc-2.17.so 造成的宕机故障及修复。其它启用了 SELinux 的 Linux 系统也可作为参考。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1vL4y1u7CU?share_source=copy_web