程序 – 学习日记

JAVA 生物信息软件 Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor 源码临时修复及编译

今天分享一套依赖破坏的开源 JAVA 生物信息软件 Barna 项目的临时修复及编译。这套软件包括：Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor，主页地址：https://confluence.sammeth.net/。在我接触到这套软件的2021年底，这套软件的源代码还可以通过一定的变通方法从 git 仓库下载到。不过却根本无法编译通过，因为其依赖的网络上的各种包和文件链接失效。但是，我发现现在已经无法从 git 仓库下载源码了。所幸，我当初下载的源码还在。于是，我将原来下载的源码和修复上传到 github（ https://github.com/learndiary/barna-df ）。这里，借此软件的修复，小结一下 JAVA Gradle 编译软件依赖包的修复。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV12V4y1p7Ec?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

Linux 上非 root 用户 Conda 编译安装 ISCE2（含 RelaxIV 、GPU 加速等全部可选项，2023年4月8日更新）

今天演示一下 Linux 上非 root 用户 Conda 编译安装 ISCE2（含 RelaxIV、GPU 加速等全部可选项）。本文的演示环境是 Nvidia A100 GPU 云服务器、Ubuntu 18.04 Linux、Miniconda3 版本 conda 23.3.1、ISCE2 2.6.1。分为 ISCE2 编译安装和简单测试两部分。

重要提示：isce2 这款软件对各组件的版本特别敏感，conda 默认会安装有效的最新版本，导致 isce2 安装失败。本文已于 2023年4月8日更新了 isce2 编译运行所需要的 Conda 环境安装方法，所以视频中的Conda 环境安装部分已经过时。本文的首发网址为：学习日记 https://www.learndiary.com/2022/08/linux-conda-isce2/ 。若有更新会第一时间发布在首发网址中。

视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1La411o785?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

提示：本演示视频分为“编译安装”和“简单测试”如下两部分：

Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 MetaboAnalystR 演示

前些天演示了一下 Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix（ https://www.learndiary.com/2022/05/linux-conda-cellmix/ ），今天演示 Conda 安装一款比较新的生物信息 R 软件 MetaboAnalystR 3.2.0。这款软件于2017年底发布于 github 上面，现在最新的版本是3.2，仍在持续更新中。本文的演示环境是 Deepin 20.6 Linux、Miniconda3 版本 4.13.0、R 4.0.2、MetaboAnalystR 3.2.0（github 当前版本）、四川移动家庭宽带网络。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1CY4y1E7UB?share_source=copy_web

Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix 演示

今天演示一下 Linux 下非 root 用户 Conda 安装生物信息 R 软件包 CellMix，CellMix 是一款 9 年前就停止更新的老旧生物信息 R 软件包，但是却有人仍然需要使用它。由于年代久远，官网上的安装方法在现在的较新的 R 版本环境下已经失效，给安装带来相当的难度。本文的演示环境是位于腾讯云广州区的 Debian 10 Linux 云服务器、Miniconda3 版本 4.12.0、R 4.0.2、CellMix 1.6.2。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV16U4y127AS?share_source=copy_web

Linux 下最简单快捷的端口转发软件 redir 简介

Linux 下的端口转发软件很多，像 ssh、iptables、socat 等等，但论简单易用，据我所知，还得算这个小小的 redir。它可以非常方便的把本机的TCP 端口转发给本机或其它机器的特定端口。如：redir :2022 :22，把本机的 2022 端口转发到本机的 22 端口。下面我以 Deepin Linux 宿主机和其上的3台 VirtualBox 虚拟机为例来演示一下。简介其中的 -I、-l、-n、-s、-m、-b参数的使用。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV18L411F7e8?share_source=copy_web

怎么折腾也弄不坏的 Linux 系统？- Linux逻辑卷管理（LVM）快照功能

当对系统进行一些不可预知后果的操作时，我们需要提前对系统备份。工具很多，如 Deepin 全盘安装默认方案就自带系统备份与恢复功能，还有全盘镜像备份的 cloneZilla，快照备份的timeshift 等等。我今天再介绍一种Linux逻辑卷管理（LVM）的快照备份功能。用虚拟机演示恢复一个删除了重要系统文件夹的 Deepin Linux 操作系统。视频演示地址：https://www.bilibili.com/video/BV1Pr4y1k7SQ/

把 Deepin Linux 安装到“带区卷软阵列+逻辑卷（RAID0+LVM）”上面加快磁盘速度和增强分区管理灵活性

在我的上篇日记中，讲了“Linux 固态硬盘 RAID0 + LVM 速度测试及优化要点（https://www.learndiary.com/2021/11/linux-lvm-on-ssd-raid0-speed/）”。但是没有讲怎么把 Deepin Linux 安装到 RAID0+LVM 上，而 Deepin Linux 常规的安装方法是做不到的，所以今天就通过视频演示一下在 VirtualBox 虚拟机中安装。视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1dQ4y1S7n7?share_source=copy_web

蒲公英免费版实现跨网跨平台互连

在我的上一篇日记“远程唤醒并使用无公网IP的电脑”（ https://www.learndiary.com/2021/07/wakeup-and-use-computer-without-public-ip/ ）中，讲了怎样使用 ssh 实现跨网访问远程电脑的方法，但里面有个必要条件是必须存在一台有公网IP的电脑作为互连终端之一或者作为中介。今天介绍一款商业软件蒲公英的免费版本来实现跨网跨平台的远程互连。跨网指终端之间是不能直接互访的，跨平台这里以Debian Linux 10、Windows 7、Android 7 三个平台为例。为了方便演示，这里以VirtualBox 虚拟机演示 Linux 和 Windows，以 Uengine Android 模拟器演示 Android 手机。宿主机平台为 Deepin Linux 20.2.3。（末尾附演示视频B站地址）

使用 MobileMate 开源工具进行音视频处理

MobileMate 是一款非常实用的开源音视频处理工具，特色功能包括批量裁剪或贴边转换不同格式和分辨率的视频、转换时以任意时长平均分割、并行转换、继续上次未完成转换任务、ffmpeg（libav）和 mencoder 双转换引擎、bash 脚本编写易于定制等等。详情请移步官网查看。本文使用横向和竖向不同格式和分辨率的视频为例，演示批量音频、视频转换，连接。文中含转换的原文件 1.mp4、2.mp4 和转换后的成果文件 12.mp4-0.mp3、12.mp4-0.mp4 供测试。

Linux执行shell脚本的方式

这里简述 Linux 下 shell 脚本的几种执行方式。包括：直接执行， shell 命令执行， shell 内建 source 或 . 命令执行。
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