JAVA 生物信息软件 Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor 源码临时修复及编译

今天分享一套依赖破坏的开源 JAVA 生物信息软件 Barna 项目的临时修复及编译。这套软件包括:Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor,主页地址:https://confluence.sammeth.net/。在我接触到这套软件的2021年底,这套软件的源代码还可以通过一定的变通方法从 git 仓库下载到。不过却根本无法编译通过,因为其依赖的网络上的各种包和文件链接失效。但是,我发现现在已经无法从 git 仓库下载源码了。所幸,我当初下载的源码还在。于是,我将原来下载的源码和修复上传到 github( https://github.com/learndiary/barna-df )。这里,借此软件的修复,小结一下 JAVA Gradle 编译软件依赖包的修复。视频演示地址:https://www.bilibili.com/video/BV12V4y1p7Ec?share_source=copy_web&vd_source=d1925b070926f23b2b6676137251e9ea

Continue reading “JAVA 生物信息软件 Flux Simulator、Astalavista、Flux Capacitor 源码临时修复及编译”

使用 MobileMate 开源工具进行音视频处理

MobileMate 是一款非常实用的开源音视频处理工具,特色功能包括批量裁剪或贴边转换不同格式和分辨率的视频、转换时以任意时长平均分割、并行转换、继续上次未完成转换任务、ffmpeg(libav)和 mencoder 双转换引擎、bash 脚本编写易于定制等等。详情请移步官网查看。本文使用横向和竖向不同格式和分辨率的视频为例,演示批量音频、视频转换,连接。文中含转换的原文件 1.mp42.mp4 和转换后的成果文件 12.mp4-0.mp312.mp4-0.mp4 供测试。

Continue reading “使用 MobileMate 开源工具进行音视频处理”

关于 MobileMate 0.1 的小结和 MobileMate 0.2 的设想

MobileMate 是一款用 Bash 脚本粘合开源命令行工具并集成在一个自启动 Linux LiveCD 的音视频转换开源工具。详情请参见项目主页: http://www.learndiary.com/mobilemate/ 。项目目标是使开源工具更好的服务于我们的应用,并探索一条从开源项目中获取收益的道路。过去的2年时间基本完成了0.1版本的开发,由于0.1b1已经没有太多改善的地方,故跳过 0.1 正式版,现在直接进行 0.2 版本的构思。此文正是小结 0.1 版本和对 0.2 版本的设想。
Continue reading “关于 MobileMate 0.1 的小结和 MobileMate 0.2 的设想”

使用 OOP 封装方式写 Bash 脚本

OOP(面向对象的程序设计),我在开源项目:MobileMate 里尝试一些 OOP 思路使写 Bash 脚本更容易,易于理解、修改和扩展功能。有三个基本的面向对象特性:封装、多态和继承。这里只借用其封装思想。最后,作为一个写程序的非专业人士,在我写代码时,有了更多的层次,更多的类,小的类,小的函数,简单的代码,更多的测试。
Continue reading “使用 OOP 封装方式写 Bash 脚本”

视频转换 DVD – MobileMate 起源

MobileMate 是一个转换音视频的开源项目,基于 TinyCore Linux 定制,使用 bash 粘合一些开源工具完成工作。详情参见主页: MobileMate: http://www.learndiary.com/mobilemate/ 。有许多音视频转换软件,为什么创建一个新的? 简而言之,MobileMate 是一个易于定制你自己的自动转换工具的示范项目。下面是这个项目的创意起源。
Continue reading “视频转换 DVD – MobileMate 起源”

在 Lenovo G360 笔记本上安装 Debian Squeeze AMD64

近日入手一台入门级笔记本 Lenovo G360,原装 Windows 7 家庭版,加装了 Debian Squeeze AMD64 Linux,成双系统启动。主要解决了:双系统引导,屏幕亮度调节,双显卡使用及节能,Google Chrome、Firefox浏览器安装及 flash 插件使用,永中 Office 2012 青年版安装,安装 Stepmania 跳舞毯程序,安装教育、科学类套件,笔记本电池使用,中文输入法,VMware Player 4.0.4安装等。下面简要记录一下要点。
Continue reading “在 Lenovo G360 笔记本上安装 Debian Squeeze AMD64”

天堂、地狱、人间:关于开源软件盈利方式的一点思考

原来在网上看到一个故事,大意是天堂和地狱的人都用一种超长的勺子吃饭,天堂的人互相喂着吃,其乐融融;而地狱的人使劲的争着用勺子抢着吃,结果是谁也吃不到饭。今晨,我突然有了一点关于这个故事的一点思考,是关于开源软件盈利方式的,希望各位批评和指正。
Continue reading “天堂、地狱、人间:关于开源软件盈利方式的一点思考”

Linux 下使用跳舞毯

幸亏跳舞毯的主流软件StepMania 是多平台并且开源的,让我又一次享受到高质量的开源软件带来的乐趣和利益。下面简要介绍一下如何在厂家只提供定制的 Windows 版本的跳舞毯程序情况下如何把数据移植到的 Linux 下的,然后关注一下 Stepmania 这款软件的生存模式。
Continue reading “Linux 下使用跳舞毯”

大话软件操行品德分分级评定标准

这篇日记模仿原来读书的时候给学生评操行品德分的事情,按自己的理解,也给现今的各种类型的软件打一个操行品德分,看看它们是调皮孩子还是乖宝宝。涉及的软件包括:间谍软件、病毒软件、恶意软件、收费闭源软件、公开代码的非开源软件、免费闭源软件、具版权传染性的开源软件、普通开源软件、版权比较宽容的开源软件、公共领域版权软件。暂时不探讨现在越来越流行的在线软件,不考虑软件的生存方式,不考虑软件的质量和市场占有率,不考虑软件的盈利能力。自由软件也是开源软件,只是定义的侧重点不同,下面也不再涉及。
Continue reading “大话软件操行品德分分级评定标准”